La Confederazione ha per finalità lo sviluppo, l'implementazione, la valorizzazione, la promozione e la diffusione dell'agricoltura e della pesca sostenibili, di qualità, in tutto il contesto euro-mediterraneo. La sua mission è: 

• il miglioramento degli standard qualitativi, dei livelli di sicurezza e di sostenibilità ambientale delle produzioni locali;
• l'accrescimento del valore aggiunto e della competitività della produzione;
• la promozione e la realizzazione di progetti settoriali strategici che possano contribuire alla determinazione delle politiche di programmazione e all'accesso ai fondi europei, nazionali e regionali;
• lo sviluppo di modelli partecipativi integrati e di partenariati di collaborazione tra imprese e soggetti pubblici e privati;
• l'organizzazione delle filiere produttive secondo la logica dei distretti produttivi di matrice euro-mediterranea;
• la realizzazione di progetti pilota;
• lo svolgimento di attività didattica e di consulenza alle microimprese giovanili e femminili, per l'avvio e la formazione di tecnici e operatori delle filiere agricole, della pesca ed agroalimentari;
• l'aggiornamento ed il perfezionamento di attività a servizio dell'agricoltura e della pesca sostenibile;
• il supporto alle azioni di commercializzazione;
• l’internazionalizzazione delle imprese agricole, della pesca e agroalimentari ed, infine,
• l’attività di ricerca applicata ai settori agricoltura, pesca agroalimentare ed attività connesse.